프라이버시 보호부터 개인적인 사정까지, 메신저를 비활성화하고 싶은 이유는 다양합니다. 페이스북의 데이터 유출 사건은 프라이버시 측면에서 악몽과 같으며, 메신저로 매일 수천 통의 메시지를 받는 것 역시 많은 사용자에게 결코 유쾌한 경험이 아닐 수 있습니다.

메신저는 사용자의 페이스북 계정과 깊이 연동되어 있어, 현재로서는 페이스북 계정을 비활성화하지 않고는 메신저만 단독으로 비활성화할 수 없습니다. 페이스북 계정은 그대로 유지하고 싶다면 메신저의 온라인 상태(활성 상태) 표시를 끄는 방법(뒤에서 설명)을 활용하는 것이 좋습니다.
또한 페이스북 계정은 분명 비활성화했는데도 메신저가 여전히 활성 상태인 것을 발견하고 놀란 뒤, 메신저까지 비활성화하려는 경우도 흔히 있습니다. 일부 사용자는 메신저 앱을 삭제하면 해결될 것이라 생각하기도 하는데, 계정 '삭제'가 아닌 '비활성화'를 원한다는 것은 언젠가 메신저로 돌아올 가능성이 있다는 뜻입니다. 이때 메신저 계정이 비활성화되어 있지 않으면 앱을 재설치하는 순간 쌓여 있던 메시지에 시달리게 될 수 있습니다.
메신저 비활성화 시 나타나는 변화
메신저가 비활성화되면 해당 프로필은 메신저와 페이스북의 검색 결과에 더 이상 노출되지 않으며, 다른 사용자가 새 메시지를 보낼 수도 없습니다. 다만 기존에 주고받은 메시지, 댓글, 대화 내용, 사진, 동영상 등은 다른 사용자에게 그대로 표시된다는 점에 유의해야 합니다.
1단계: 페이스북 계정 비활성화
메신저를 비활성화하려면 먼저 페이스북 계정을 비활성화해야 합니다(이미 비활성화했다면 이 단계는 건너뛰어도 됩니다). 안드로이드 스마트폰과 아이폰에서의 절차는 거의 동일합니다. 참고로 비즈니스용 페이스북 계정이라면 관리자(admin) 권한이 있어야 계정과 메신저를 비활성화할 수 있습니다.
- 페이스북 앱을 실행한 뒤, 가로줄 세 개 아이콘을 눌러 메뉴를 엽니다.
- 설정 및 개인정보를 확장하고 설정을 선택합니다.

- 개인 정보 및 계정 정보(Personal and Account Information)를 연 후 계정 소유권 및 관리(Account Ownership and Control)를 탭합니다.

- 비활성화 및 삭제(Deactivation and Deletion)를 선택하고, 요청이 뜨면 계정 비밀번호를 입력합니다.
- 계정 비활성화(Deactivate Account)를 선택하고 계정 비활성화 계속(Continue to Account Deactivation)을 탭합니다.

- 계정 비활성화 사유(예: '일시적입니다. 곧 돌아올 예정입니다')를 선택하고 계속을 누릅니다.

- 비활성화 기간을 설정하거나 자동으로 다시 활성화하지 않음(Don't Reactivate Automatically)을 선택합니다.
- 마지막으로 내 계정 비활성화(Deactivate My Account)를 탭하면 페이스북 계정이 비활성화됩니다.
2단계: 메신저 비활성화
페이스북 계정 비활성화가 완료되면 이어서 메신저를 비활성화할 수 있습니다.
- 메신저 앱을 실행하고 화면 왼쪽 상단의 프로필 아이콘을 탭합니다.

- 법률 및 정책(Legal and Policies, 또는 '개인정보 보호 및 약관')을 열고 메신저 비활성화(Deactivate Messenger)를 탭합니다.

- 계정 비밀번호를 입력한 후 계속을 누릅니다.

- 비활성화를 탭하면 메신저가 비활성화됩니다.

메신저의 비활성화 버튼이 보이지 않거나 작동하지 않는다면, 우선 페이스북 계정이 실제로 비활성화되었는지 확인하세요. 계정이 비활성화된 상태라면 메신저 앱을 재설치하면 비활성화 버튼이 나타나는 경우가 있습니다. 이후 위의 절차를 다시 진행하면 됩니다.
앱을 재설치한 후에도 비활성화 버튼이 나타나지 않거나 작동하지 않는다면, PC 브라우저로 페이스북 설정 페이지에 접속하세요. 기기 탭(devices)으로 이동해 현재 페이스북 웹사이트에 접속 중인 기기를 제외한 나머지 기기(휴대폰, PC 등)를 모두 연결 해제합니다. 그런 다음 웹사이트에서 페이스북 계정을 비활성화하고, 이 과정에서 '메신저 계속 사용'(Keep Using Messenger) 항목의 체크를 반드시 해제하여 메신저도 함께 비활성화되도록 합니다.

전화번호만으로 메신저 계정을 만든 사용자라면, 먼저 같은 전화번호로 페이스북 계정을 생성한 뒤 위의 안내에 따라 메신저를 비활성화해야 합니다.
메신저 라이트(Messenger Lite) 사용자는 웹사이트를 통해 비활성화할 수 있습니다.
메신저 활성 상태 끄기
메신저만 비활성화하기 위해 페이스북 계정까지 비활성화하는 것이 부담스러운 사용자도 있습니다. 이런 경우 '내 활성 상태 표시'(Show When You Are Active) 기능을 끄면 됩니다.
- 메신저 앱을 실행하고 프로필 사진을 탭합니다.

- 활성 상태(Active Status)를 연 뒤 '활성 상태 표시'(Show When You're Active)를 끕니다.

- 이후 활성 상태 비활성화를 확인합니다.
또한 메신저 사용 시간이 부담된다면 iOS의 스크린 타임(Screen Time) 또는 안드로이드의 디지털 웰빙(Digital Wellbeing) 기능을 활용해 메신저 사용 시간을 제한할 수도 있습니다.